A Magyar Vízügyi Múzeumot 1973-ban alapították az Országos Vízügyi Hivatal Vízügyi Dokumentációs és Továbbképző Irodájának részeként. 1989 óta – az 1987-ben megalakult Környezetvédelmi és Vízgazdálkodási Minisztérium által létrehozott Környezetgazdálkodási Intézet fenntartásába kerülve – viseli a Magyar Környezetvédelmi és Vízügyi Múzeum nevet, gyűjtőköre is kibővült. Az országos gyűjtőkörű szakmúzeum fenntartója 2014. január elsejétől az Országos Vízügyi Főigazgatóság.
A gyűjtemény első állandó kiállítása 1980-ban nyílt meg “A Duna és a magyar vízgazdálkodás története” címmel Esztergom belvárosában, az egykori főkáptalan épületében. 1998-ban az épület restaurálása miatt a tárlatot lebontották. A megújult belső terekbe tervezett, innovatív új állandó kiállítás “Víz-idő” címmel 2001 októberétől fogadta a látogatókat.
Az Év Múzeuma (2001) és a Családbarát Múzeum (2005) díjak mellett a múzeum 2003-ban elnyerte az Európai Múzeum Fórum (European Museum Forum) különdíját is. Az óvodás és iskolás csoportok számára változatos múzeumpedagógiai programokat kínáló intézményben 2010-ben európai uniós támogatással új foglalkoztató helyiséget alakítottak ki, 2014-ben pedig megnyílt új állandó kiállítási egysége, a Látványtár.
A 2001-ben megnyílt állandó tárlat közel két évtizeden keresztül szolgálta a látogatókat, 2018-ban azonban lebontásra került, hogy a következő évben átadja helyét a jelenleg is látogatható Vízeum címet viselő állandó kiállításnak, mely 2020-ban elnyerte az Év Kiállítása címet, majd 2021 májusában az Év Európai Múzeuma díj különdíjában részesült.
Az egyedülálló gyűjteménnyel rendelkező múzeum a magyar vízügy és vízgazdálkodás történetével kapcsolatos tárgyakat és dokumentumokat gyűjti. Saját gyűjteményének gondozása mellett a kezdetektől szakmai segítséget nyújt a területi vízügyi igazgatóságok által fenntartott vízügyi emlékhelyek, műszaki műemlékek és gyűjtemények nyilvántartásához, kezeléséhez, szakszerű működtetéséhez.
A múzeum mindennapjaihoz szorosan kapcsolódik a vízügy és a múzeum iránt elkötelezett tagokból álló egyesület. A Duna Múzeum Baráti Köre Egyesület [honlap múzeumbarát egyesület menüpontja] 2012-es alapítása óta segíti az intézmény tárgyi és írásos anyagának gyűjtését, kutatását, publikálását, közreadását, támogatja a múzeum szakmai és közönségkapcsolati tevékenységét, rendezvényeit.